Ljudske naseobine na području Kostajnice poznate su još iz perioda tkz. « Vučedolske kulture», te poslije iz «bronzanog i željeznog doba». Prema pronađenim ostacima i sačuvanim dokumentima poznato je da se još u doba Rimljana na području Kostajnice odvijao živ trgovački saobraćaj preko rijeke Une. Zahvaljujući takvom položaju, Kostajnica je bila već tada značajno naselje sa izgrađenim rimskim vodovodom.
Ime Kostajnica se prvi put spominje 1258. godine.Tokom srednjeg vijeka Kostajnica je u sastavu Ugarske kraljevine tj. u posjedu vlastele koja priznaje ugarsku krunu. Nakon 1513. godine (pobjeda Turaka kod Dubice) u stalnom ratovanju mijenjaju se gospodari: Turska i Austrougarska.
Kao sastavni dio kraljevine Ilirije, 1809. godine područje Kostajnice dolazi pod vlast Napoleona, i ostaje do 1814. godine. Za vrijeme francuske vladavine sagrađen je drveni most između dvije Kostajnice koji je olakšavao protok roba i ljudi. Jedini tada most na Uni služio je za prevoz robe koja je išla sa Srednjeg Istoka za Evropu i obrnuto. Poslije kratkotrajne francuske uprave Kostajnica ponovo potpada pod tursku vlast 1814. godine.
U periodima turske vladavine stanovništvo ovog kraja je podizalo brojne bune. Najpoznatija je Pecijina buna 1858. godine koju su podigli hajduci Petar Petrović Pecija i Petar Garača.
1878. god Kostajnica ponovo potpada pod austrijsku vlast i ostaje sve do završetka Prvog Svjetskog rata. Za vrijeme Austrije Kostajnica je bila prvo kotar, a kasnije ispostava bosansko-novskog kotara.
Za vrijeme Kraljevine Jugoslavije Kostajnica je razvijen trgovačko-zanatski centar.
Tokom Drugog Svjetskog rata stanovništvo ovog kraja masovno je učestvovalo u borbi protiv fašizma. O tome svjedoči legendarna Baljska četa koja je bila sastavljena od boraca uglavnom regrutovanih sa ovog područja. Pored palih boraca, kao žrtve rata fašističkog terora život je izgubilo 1.848 žitelja opštine. Njihova stratišta su Jasenovac, Zemun, Bajića jame i Zečevo Brdo.
Nakon Drugog Svjetskog rata Bosanska Kostajnica egzistira kao Opština u sastavu bosansko-novskog, a kasnije prijedorskog sreza. Novom teritorijalnom podjelom 1962. godine ukinuta je opština Bosanska Kostajnica, a njena teritorija podijeljena između opština Bosanska Dubica i Bosanski Novi.1995.godine Kostajnica ponovo dobija status opštine.
Izvor: Živko P. Ćurčija, Opština Srpska Kostajnica, Srpska Kostajnica, mart 1995.
